淡水區漁會的歷史可回溯自民國十七年四月，由當時淡水、八里、三芝地區漁民組成淡水漁業組合，會址設在淡水街淡水字烽火 17 番地，民國三十年時改組成立淡水漁業協同組合。民國三十二年時奉命改組為淡水漁業會。民國三十五年將漁會之經濟部門分出組成淡水漁業產銷合作社，淡水漁會則保留推廣部門及其經營經濟事業。民國三十九年再將兩者合併為淡水漁會，民國四十四年七月全省漁會改進，定名為淡水區漁會迄今。

淡水區漁會舊辦公大樓

淡水區漁會新辦公大樓

民國十七年四月，淡水、八里、三芝地區漁民組成淡水漁業組合，參加者計395人，其申淡水街189人，八里庄158 人，三芝庄48人，會址設在台北川淡水郡淡水街淡水字烽火17番地，民國三十年改組成立淡水漁業協同組合，組合長由淡水街長兼任。民國三十二年奉命改組為淡水漁業會。民國三十五年十月將漁會之經濟部門劃出成立「淡水漁業產銷合作社，淡水漁會則保留推廣部門及經營經濟事業。民國三十九年再將兩者合併為淡水漁會，民國四十四年七月全省漁會改進，定名為淡水區漁會至今。

淡水區漁會的辦公處所，原在淡水渡船頭邊之淡水鎮中正路11巷1號，民國七十至七十七年間政府投資興建淡水第二漁港，並在新漁港魚市場上興建二樓做為區漁會辦公廳舍，民國八十二年七月遷入，地址是台北縣淡水鎮沙崙里申正路一段87巷200號。